虚开增值税专用发票罪，向税务机关投案能否认定为自首

何观舒：虚开增值税专用发票罪律师、税务犯罪辩护律师

一、基本案情

2015年3月30日，被告人邓某用妻子木某某的身份信息注册成立了A矿业有限公司（自然人投资公司），注册地址甲县，木某某担任公司法定代表人，公司经营磷矿石购销，公司经营由邓某负责。

公司成立后搬到乙市，与其B矿业有限公司（以下简称B公司）、C科技有限公司（以下简称C公司）合并办公，2015年7月至2016年1月期间A矿业有限公司（以下简称A公司）在没有货物购销及提供或者接受应税劳务的情况下，被告人邓某安排财务人员联系他人为自己虚开磷矿石销售增值税发票、货物运输增值税发票合计217份，票面金额21395553.19元，抵扣税款2952161.46元。其次，被告人邓某安排财务人员为自己的其他公司虚开销售磷矿石增值税发票29份，票面金额2717948.8元，抵扣税款462051.4元。合计抵扣税款3414212.86元，其中：

1、2015年7月22日、24日，被告人邓某安排公司财务人员支付开票费，取得四川D国际贸易有限公司（以下简称D公司）开具的销售磷矿石增值税专用发票30份，票面金额2995965.80元，抵扣税款509314.2元。

2、2015年9月21日，被告人邓某经张某1（已判刑）介绍，安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得四川E贸易有限公司（以下简称E公司）开具的销售磷矿石增值税专用发票47份，票面金额4605428.14元，抵扣税款782922.66元。

3、2015年9月21日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得成都F物流公司（以下简称F公司）承运磷矿石运输增值税专用发票24份，票面金额2368432.43元，抵扣税款260527.57元。

4、2015年10月21日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得四川G物流公司（以下简称G公司）承运磷矿石运输增值税专用发票64份，票面金额6289153.22元，抵扣税款691806.78元。

5、2015年11月28日，被告人邓某安排B公司财务人员虚开销售磷矿石增值税专用发票21份给A公司，票面金额2016347.13元，抵扣税款342778.97元。同日，安排C公司财务人员虚开销售磷矿石增值税专用发票1份给A公司，票面金额359773.5元，抵扣税款61161.5元。

6、2015年12月16日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得四川H物流公司（以下简称H公司）承运磷矿石运输增值税专用发票2份，票面金额182025.95元，抵扣税款20022.85元。

7、2015年12月16日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得H公司承运磷矿石运输增值税专用发票6份，票面金额548898.16元，抵扣税款60378.79元。

8、2015年12月16日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得H公司承运磷矿石运输增值税专用发票10份，票面金额920656.4元，抵扣税款101272.2元。

9、2016年1月18日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得H公司承运磷矿石运输增值税专用发票12份，票面金额1108872.46元，抵扣税款121975.94元。

10、2015年10月27日、2016年1月26日，被告人邓某安排A公司财务人员虚开销售磷矿石增值税专用发票29份给C公司，票面金额2717948.8元，抵扣税款462051.4元。

被告人邓某到案后，主动向公安机关交纳扣押款354万元。其中295万元在原审期间已作为抵扣税款被甲县税务机关划走。

二、公诉机关指控

公诉机关认为，被告人邓某违反国家专用发票管理规定，在没有真实货物交易的情况下让他人为自己虚开增值税专用发票，为自己虚开增值税专用发票用于抵扣税款，数额特别巨大，其行为触犯了《中华人民共和国刑法》第二百零五条，犯罪事实清楚、证据确实充分，应当以虚开增值税专用发票罪追究其刑事责任，建议判处被告人邓某有期徒刑十年至十二年，并处罚金。

三、辩护意见

1.被告人邓某对起诉书指控的第二、第八起的犯罪事实和罪名无异议，当庭自愿认罪，但认为：其于2015年10月发现开票方E公司的人员跑路后便主动向甲县国税局报告，要求做进项转出，补缴抵扣税款，其构成自首。对四川H公司、四川G公司之间确实没有事实上的运输业务。但认为自己是偷逃税款的行为。对起诉书指控的其余四起犯罪指控不认可，认为是有真实的交易。对自己缴纳在案的354万元愿意作为税款补交。

2.原审辩护人认为：

（1）犯罪主体存在问题，邓某不是本案适格的被告人，虚开增值税专用发票要求行为人必须以偷逃税为目的，但公诉机关未予以证明被告人邓某有偷逃税款的行为，被告人邓某实际虚开的数量没有起诉的数量多，也未造成国家税款的流失，且公安机关在讯问（询问）时有诱供行为，据此收集的证据不应当采信，公诉机关存在选择性举证，对被告人不公平。

（2）证人证言不能作为案件的主要关键证据，货物资金走向、合同凭证、税务机关确认违法的法律文书才应当作为关键证据，除E公司外，公诉机关指控的其他事实均无上述证据，指控证据不足。

（3）被告人邓某向税务机关主动汇报受票方E公司的问题，应当构成自首，并且被告人邓某已全部补清税款，应当对被告人判处缓刑。

3.重审辩护人认为：

（1）本案属单位犯罪，根据最高人民法院关于单位犯罪的相关的解释，A公司有大量真实、正规的业务存在，不属于按个人犯罪处理的情形；

（2）本案的行为符合逃税而非虚开增值税专用发票，但现有证据不能证实逃税罪成立，所以被告人无罪；

（3）三个关联公司之间的开票不能认定为虚开。三个关联公司是独立的法律主体，即纳税主体。法律并不禁止一人控制三个公司，也不禁止关联公司之间从事交易行为。三个公司之间都有纳税记录，共用一个货场，不能推定没有运输就没有交易，开票和付款不同步，不能证实就是虚开，且我方提供的证据能够证实A公司、B公司、C公司之间确实存在交易的事实；

（4）对于与E公司的指控，上游犯罪不代表下游犯罪，本案被告人系善意第三人，未能实现交易是因E公司的原因所致。与D公司的交易我方已经提供了相应的证据证实其客观存在，不构成虚开。同时对成都F物流公司的指控也因为四川的税务局查实后，认为其与D公司的交易有关而未出具虚开证明，因此上述指控不成立；

（5）六起运输发票是被告人在云南发生了大量的实际运输并支出了相应的运费。四川的物流公司为其开票形成挂靠关系，不构成犯罪；

（6）本案国家税款损失不明，是否发生流失证据不足；

（7）被告人构成自首，2016年3月8日甲县公安局民警王某某、陈某某口头通知被告人到公安局接受讯问。被告人按通知要求到公安局接受了讯问，属主动投案。其理由为邓某此时尚未被公安机关控制，也没有逃逸。主动投案，其主要意义在于减轻警方的抓捕压力，与警方是否掌握其犯罪事实无关。即便犯罪事实清楚的逃犯，主动到案，也能构成自首。同时邓某在2015年10月就主动向甲县国税局报告了E公司虚开发票的事，但国税局未处理直至案发，此过程有原审证据在案证实。被告人对事实行为均是认可的，只是辩解其在法律上不是犯罪，根据最高人民法院的相关司法解释，其行为构成自首。

4.辩护人认为：

（1）被告人邓某在案发前多次主动安排财务人员向甲县国税局口头报告四川E公司失联并要求做相关的行政处理，其行为构成自首。从公诉机关提供的证据和我方提供的证据当中可以看出，在2015年11月邓某多次安排财务人员李某1到甲县国税局主动反映有关E公司的情况。甲县国税局在知晓该情况后，两个多月的时间里多次推诿，拒不答复被告人是行政处理缺失，而非被告人之过。甲县国税局前期故意不作为，后期未经调查处理径行将该案移送公安机关。被告人作为普通公民，发现问题主动向主管行政机关反映并请求处理，应得到法律上的认可和鼓励。且本案涉及税收方面的专业问题，行政机关在本案中的不作为，已严重影响了正常的司法公正审判。对被告人的处理，应考虑其主动寻求行政机关处理，减轻危害的本意。亦体现刑事审判罪刑责相适应的要求。

（2）被告人已缴纳354万元扣押款，足以抵扣起诉书指控的应补税款，国家税款未流失和受损失，应对被告人减轻或从轻处罚。

（3）除四川E公司以外，不能排除A公司与其他公司之间有真实业务来往，因此除起诉书指控的有关E公司的犯罪以外，其余九起不构成犯罪。被告人控制的三家关联公司相互之间及对外均有大量的真实业务发生。其业务量远远超过起诉书的认定数额，这在公安机关搜查并扣押但没有提供法庭的材料中有大量的书证予以证实，并非如起诉书所指控的没有实际交易；

（4）甲县国税局将此案移交甲县公安局侦查时，行政不作为，程序违法违规。根据《税收征收管理法》第77条、《税务稽查规程》第60条、《重大税务案件审理规定》，甲县国税局没有履职，没有进行税务稽查，没有形成国税局的行政认定，就将此案移交公安机关处理，客观上剥夺了被告人进行行政补救的可能性及提起行政复议、行政诉讼的权利。涉税案件必须由税务机关按照行政程序先行处理后司法机关才能立案处理，公安机关立案违反法律规定。

（5）公安机关的证人李某4、李某1虚假陈述，辩护人提交的证据能够证实A公司于2015年向I农资公司购入磷矿石的事实存在，并有相应的付款凭证能够证实安钢公司与I农资公司之间有大量的磷矿石真实交易。

四、裁判理由

本院认为，本案首先应确认犯罪主体，根据《最高人民法院关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》第二条“个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施犯罪的，或者公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处”的规定。本案所涉增值税的纳税义务人为禄丰A矿业有限公司，税务机关所出具的稽查报告其针对的对象亦是该公司，而非被告人个人。且从本案的证据中可以认定，A公司从成立以后与其他公司之间发生过大量的、真实的磷矿石买卖交易行为，其犯罪行为仅是在其生产经营过程中的部分行为，且是以公司的名义所实施的，其行为和犯罪事实均不符合上述司法解释所规定的不以单位犯罪论处的情形，因此本案依法应以单位犯罪论处。对单位处罚的同时，被告人作为A公司中直接负责的主管人员（实际控制人）亦应一并处罚。对此，本院已向公诉机关书面提出补充起诉的意见。但公诉机关坚持以个人犯罪提起公诉。本院依法应依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第283条的规定：“对应当认定为单位犯罪的案件，人民检察院只作为自然人犯罪起诉的。人民法院应当建议人民检察院对犯罪单位补充起诉。人民检察院仍以自然人犯罪起诉的，人民法院应当依法审理。按照单位犯罪中直接负责的主管人员或者其他直接责任人员追究刑事责任。并援引刑法分则关于追究单位犯罪中直接负责的主管人员和其他直接责任人员刑事责任的条款进行判处”。因此本案犯罪主体系A矿业有限公司，依法适用《中华人民共和国刑法》关于单位犯罪的条款。

虚开增值税专用发票罪，是指违反国家的发票管理制度和税收征收管理制度，为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票用于抵扣税款的行为。本案中，犯罪主体系A矿业有限公司，但因公诉机关未指控，故本案不作评判。被告人邓某作为A矿业有限公司、C科技有限公司、B矿业有限公司直接负责的主管人员（实际控制人），为少交税款，在无实际交易的情况下，安排本公司工作人员通过他人以低价向出票人购买增值税发票用于抵扣的行为，已构成虚开增值税专用发票罪。

本罪犯罪主体为一般主体，被告人系本罪的适格主体。其主观是故意，客观上实施了让他人为自己虚开增值税专用发票并抵扣应纳税款的行为；主观方面表现为明知道虚开增值税专用发票抵扣税款违反法律规定，但追求该结果的发生，系直接故意；客观方面表现为在没有实际交易的前提下，伪造矿石买卖合同、运输合同，过磅单、入库单并通过向中间人支付手续费的方式获取增值税专用发票并进行了抵扣，造成国家税收流失且数额较大的后果。其行为符合虚开增值税发票犯罪的构成要件，公诉机关的指控事实清楚，证据确实充分，应予以认定。

被告人在2015年7月至2016年1月期间，在没有货物购销及提供或者接受应税劳务的情况下，安排财务人员联系聂某（已判刑）等人以四川E公司、四川J物流公司、四川K物流公司为出票方，实施虚开磷矿石销售增值税发票、货物运输增值税发票犯罪行为六起，合计取得增值税发票141份，票面金额13655034.33元，实际抵扣税款1778379.22元，数额较大，应受刑罚处罚。对于被告人提出本案应以逃税罪追究责任以及与运输企业具有挂靠关系的辩解意见，首先逃税罪与本罪在客观表现上存在差异，犯罪手段也明显不同，从本案的证据及查实的事实均不符合逃税罪的构成；其次,被告人在生产经营过程中，确有产生大量运输的事实存在，但其取得四川J物流公司、四川G物流公司运输增值税发票系通过向中间人（聂某）支付低价购买再进行高额抵扣，明显与被告人辩解的挂靠无关。因此，对被告人的上述辩解意见均不予采纳。对辩护人提出本案国家的税收并没有发生流失，因此被告人不构成犯罪的辩护意见，从本案证据来看，四川E贸易有限公司所出具的磷矿石销售发票在出票后未缴纳税款逃逸，被告人抵扣税款造成国家损失的事实显而易见，且对该项犯罪被告人及辩护人均无异议，在此不再赘述。对被告人所取得的四川J物流公司、四川G物流公司出具的运输增值税发票确系真实的发票，出票方也有真实的进项税可用于抵扣。但出票方在没有实际交易的情况下，用其向他人购买燃油所获取的进项增值税，通过与被告人交易从而以手续费的方式让该部分进项税转化为现金被出票方占有，导致国家税收流失；再者被告人通过低价购买取得运输增值税发票，以高税率抵扣其应纳税款，也造成了国家税款流失。因此对该辩护意见不予采纳。

对公诉机关指控被告人邓某的下列犯罪事实不予认定，即一、2015年7月22日、24日，被告人邓某安排公司财务人员支付开票费，取得D公司开具的销售磷矿石增值税专用发票30份，票面金额2995965.80元，抵扣税款509314.2元。公诉机关对该项事实的主要指控证据为：1、营业执照、税务登记证、组织机构代码证、开户许可证；2、认证结果通知书；3、证人陶某及证人李某1的证言；4、L矿业公司的情况说明；5、被告人邓某的供述。原审时被告人的辩护人提交的D公司的增值税专用发票、磷矿购销合同、支付凭证，因均加盖D公司的印章，付款凭证系由相关金融机构出具，载明付款时间、方式等，增值税专用发票（第一联记账联销售方记账凭证）与公诉机关出示的相应增值税专用发票（第三联发票联受票方记账凭证）的发票号码、购买方、销售方、开票时间等能够印证，且证人李某1也证实其于2015年7月26日到A公司上班，不清楚A公司与D公司之间是否有业务往来，A公司2015年11月18日之前的开户行及账号是中国工商银行甲县支行西郊分理处25×××08，故辩护人提交的证据能够相互印证A公司与D公司签订磷矿购销合同，合同有效期自2015年5月15日至12月31日，2015年7月23日至28日，A公司通过其在中国工商银行甲县支行西郊分理处账号25×××08向D公司多次转账支付3505320元的事实以及2015年7月22日、24日，D公司向A公司开具增值税专用发票30份的事实。而公诉机关认定此项犯罪的事实的指控证据为L矿业公司，该情况说明仅能说明L公司与D公司及A公司之间未发生过交易，不能证实D公司与A公司之间未发生过交易。对公诉机关指控的该起犯罪，证据不足，不予认定；二、2015年9月21日，被告人邓某安排A公司财务人员联系聂某（已判刑）支付开票费后，取得成都F物流公司（以下简称F公司）承运磷矿石运输增值税专用发票24份，票面金额2368432.43元，抵扣税款260527.57元。公诉机关主要指控证据为1、李某1的证言2、聂某的证言3、被告人邓某的供述。对上述证据李某1明确对D公司的交易不知情，系在其尚未到A公司工作就已完成的，未认可成都F的发票系自己经手，聂某（已判刑）的陈述存在相互矛盾，其在第4次、第5次陈述中均表示F公司的发票系某1的康某公司做的，自己只是在寄E的发票时一并邮寄。但在某1的笔录中从未提及该项事实，对某1的判决亦未涉及该事实。在第七次笔录聂某（已判刑）认可自己通过李某3实施了该行为，但与其合作的李某3并未提到该项交易。邓某的陈述亦存在反复的情形，而出票方成都税务机关在甲县税务机关要求协查后，对该项指控事实进行了核实，认为该行为与A公司和D公司的矿石买卖有关，不认定为虚开，也未就该项指控出具虚开证明。因此，公诉机关对被告人的该项指控证据不足，不予认定；三、2015年11月28日，被告人邓某安排B公司财务人员虚开销售磷矿石增值税专用发票21份给A公司，票面金额2016347.13元，抵扣税款342778.97元。同日，安排C公司财务人员虚开销售磷矿石增值税专用发票1份给A公司，票面金额359773.5元，抵扣税款61161.5元。公诉机关指控证据为：1、赵某的证言2、李某1的证言，3、李某2的证言4、被告人邓某的供述。四、2015年10月27日、2016年1月26日，被告人邓某安排A公司财务人员虚开销售磷矿石增值税专用发票29份给C公司，票面金额2717948.8元，抵扣税款462051.4元。公诉机关指控证据为：1、李某2的证言2、李某1的证言3、被告人邓某的供述。上诉两项指控,公诉机关所提供的证据中赵某的证言证实了B公司和A公司之间确有交易只是有部分磅单是伪造的；李某1的证言，在李某1的八次供述中，证实内容不稳定，相互矛盾的之处客观存在。如在李某1的第二次供述中，其认可2015年11月份富民C公司供应M公司磷矿石，从A公司的货场转发了一批矿石到M公司，没有过磅，只是估算了吨位就签订了合同，A公司给C公司出具了增值税发票。同时认可对四川G公司的付款，是用C公司给付A公司的承兑发票支付的。该陈述与其所作C公司与A公司之间没有交易的陈述相互矛盾。李某2在公安机关的陈述，在原审开庭的时候其只认可第一次的陈述，对其他陈述均不认可。其在第一次陈述中明确B公司与C公司、N化肥公司确实有交易。从公诉机关所提交的证据以及被告人辩护人所提交的证据和证人证言中可以看出，被告人邓某实际控制的三家公司对外确有实际经营，其与O公司、P磷业公司、Q公司、M公司等企业的实际交易客观存在。被告人邓某实际控制的三家公司共用料厂只有一个，即乙县街小高山料场。三家公司同为被告人所控制，其交易地点均是乙小高山料场，其公司之间的交易仅凭被告人的个人意思表示就可以完成，并不需要所谓的实际运输，所以不能以没有发生过运输行为即否认公司之间的交易行为。被告人指使他人伪造过磅单，是为了开具运输发票，虚假增高其经营成本达到少交税款的目的，以三家公司是否发生交易并无直接联系。这与母公司所设立的全资子公司之间通过母公司相互之间发生交易，是相同的行为。其行为可能违反行政法规的规定，但尚未达到构成刑事犯罪的标准。同时丙县税务机关曾经对C公司进行过税务调查，并冻结了C公司的账户，但C公司对丙县税务机关的行政行为提出听证要求后，丙县税务机关解冻了C公司的账户，并终止了对C公司的调查，从另一方面表明了丙税务机关对C公司有关税务方面的态度。同样B公司所在地的税务机关也未对B公司的相关税务问题提出过调查，因此公诉机关的证据不能证实三个公司之间没有实际交易这一客观事实的存在。公诉机关对A公司、C公司、B公司之间虚开增值税发票的指控证据不足，事实不清，不予认定。综上，公诉机关对上述四起犯罪的指控虽然出具了相应的证据，但该部分证据与本案的其他证据综合起来，尚不能达到排除合理性怀疑的刑事审判证据要求，也不具备对被告人的犯罪事实的指控具有唯一指向性，即指控事实存疑。因此对公诉机关的上述指控的四项犯罪事实，不予认定。

量刑方面，被告人是否存在自首的情节是本案的争议所在。依照《中华人民共和国刑法》第67条第一款的规定，犯罪后自动投案，如实供述自己的罪行，是自首。因此，被告人有无自动投案的事实存在是认定其是否具有自首情节的前提。依照《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第一条第一款自动投案是指犯罪事实或者犯罪嫌疑人未被司法机关发觉，或者虽被发觉，但犯罪嫌疑人尚未受到讯问、未被采取强制措施时，主动直接向公安机关人民检察院或者人民法院投案。包括犯罪嫌疑人向其所在单位城乡基层组织或者其他有关负责人投案的情形。本案中，被告人在2015年12月案发前曾向甲县国税局相关工作人员反映其与四川E公司之间的发票存在问题，这一事实有证据客观存在。表明了被告人对其违法行为主动向相关主管部门进行报告，并等待处理的主观态度和客观表现。依照国家税务总局《税务稽查工作规程》第18条、第19条之规定，应由税务稽查机关予以立案调查。但甲县国税局并未就此展开调查，未对被告人进行相应的询问，也未给被告人任何答复，直至本案2016年2月案发后直接移送公安机关进行侦查。依照《税务稽查工作规程》第42条的规定，检查结束时应根据相关资料制作《税务稽查报告》，报告应当包括以下主要内容：其中第七项“被调查对象对调查事实的意见”。第60条规定“税收违法行为涉嫌犯罪的，填制《涉嫌犯罪案件移送书》，经所属税务局局长批准后，依法移送公安机关，并附送以下资料：一、《涉嫌犯罪案件的调查报告》；二、《税务处理决定书》、《税务处罚决定书》的复制件；三、涉嫌犯罪的主要证据材料复制件”。上述规定说明，涉及税务的犯罪案件，即使要移送公安机关进行侦查，也应由税务机关进行必要的调查及认定。而本案中税务机关在接到被告人单位相关问题的反映，未按该规程进行调查而直接移送公安机关，在程序上存在瑕疵，剥夺了被告人在行政调查过程中陈述犯罪事实的机会。同时被告人在未被采取强制措施前，经公安机关办案人员的口头传唤，到公安机关指定的地方接受讯问。符合《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第一条第一款“虽被发觉，但犯罪嫌疑人尚未受到讯问、未被采取强制措施时，主动直接向公安机关、人民检察院或者人民法院投案”的规定，应认定为主动投案。其次，被告人是否如实供述自己的罪行。依照《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第一条第二款：“如实供述自己的罪行。是指犯罪嫌疑人自动投案后，如实交代自己的主要犯罪事实。”本案系虚开增值税专用发票罪，其主要犯罪事实就是没有实际交易，为他人虚开、为自己虚开。被告人在主动到达公安机关指定的地方第一次接受讯问，就明确陈述了A公司与四川E公司、H公司等均无实际交易，涉案的发票均是通过聂某（已判刑）为中间人，以支付手续费的方式取得的事实。且在法庭审理过程中亦认可与上述公司之间没有实际交易，符合上述解释的规定，依法应认定为如实供述。对公诉机关认为被告人的犯罪行为已被公安机关所掌握，并有翻供的行为，不能认定自首的指控意见，按照《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》的规定，公安机关是否掌握犯罪嫌疑人的犯罪事实并不妨碍被告人自首的成立；对于被告人对自己行为是否构成犯罪或者构成其他的犯罪的辩解，亦不影响被告人自首的成立。同时，根据该《解释》的规定，“犯罪嫌疑人自动投案，并如实供述自己的罪行，后又翻供的，不能认定为自首；但在一审判决前又能如实供述的，应当认定为自首”。因此，对公诉机关的该指控意见不予采纳；对辩护人认为被告人构成自首的辩护意见有法律和事实依据，依法应予采纳。综上，本案被告人邓某具有自首情节，依法应从轻或减轻处罚。其次被告人邓某在侦查期间通过其家人主动缴纳扣押款354万元，庭审中明确表示愿意用该笔款项补缴应纳税款及相关罚款，体现了被告人具有认罪、认罚的较好悔罪态度，依法应视为其主动缴纳税款及相应的罚金，可从轻处罚。

综上所述，被告人邓某虚开增值税发票非法抵扣税款1778379.22元，数额较大，依法应处三年以上十年以下有期徒刑。鉴于被告人有自首的情节，依法应从轻或减轻处罚；同时，被告人主动缴纳相关税款，避免了国家税收的流失，亦可从轻处罚。综合被告人的犯罪情节、法定减轻、从轻情节及本人的认罪悔罪态度，按照罪刑相适应原则，可对被告人从轻处罚并适用缓刑。对单位的罚金，因公诉机关在本案中未对A公司进行指控，对其公司的犯罪行为应由行政机关依据相关行政法规在本案判决后通过相应的行政处罚予以处理。

据此，依照《中华人民共和国刑法》第二百零五条第二款、第三款，第六十四条，第六十七条第一款，《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第一条之规定，判决如下：

一、被告人邓某犯虚开增值税专用发票罪，判处有期徒刑三年，宣告缓刑五年。

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